Початки церкви сягають чотирнадцятого століття, коли князь Януш Старший разом з лікарнею заснував дерев'яну церкву. Храм був зруйнований під час шведського потопу. У 1671 році король Ян Казимир передав руїни та прилеглі землі отцям паулінам як вираз вдячності за оборону Ясни Гури. Приблизно в 1682 році ченці побудували на цьому місці цегляну будівлю монастиря, в якому була створена лікарня Святого Духа.
Церква була зведена в 1707-1717 роках за проєктом Юзефа Шимона Белотті і Юзефа Пяоли в стилі бароко. У 1807 році монастир захопила армія Наполеона Бонапарта – в ньому облаштували склад і казарми. У 1819 році згромадження було розпущено, церква передана Братству святого Бенно, а існуючий госпіталь Святого Духа перенесено на вулицю Пширинека. У 1845 році до храму прибудували сходи, а в 1863 році перед церквою поставили скульптуру Пресвятої Богородиці.
Під час Варшавського повстання церква була частково зруйнована. У 1949 році отці пауліни повернулися до Варшави і з їхньої ініціативи костел був перебудований. Реставрація храму була завершена в 1956 році. Щороку з костелу Святого Духа вирушає варшавське паломництво до Ченстохови.
Baž nyč ios iš takos siekia XIV amž ių , kai kunigaikš tis Januš as Vyresnysis į kū rė medinę baž nyč ią kartu su ligonine. Š ventykla buvo sunaikinta per Š vedijos potvynį . 1671 m. karalius Jonas Kazimieras griuvė sius ir aplinkinę ž emę perleido Pauliaus ordino tė vams, iš reikš damas dė kingumą už Jasna Guros gynybą . Apie 1682 m. vienuoliai š ioje vietoje pastatė mū rinį vienuolyno pastatą , kuriame buvo į kurta Š ventosios Dvasios ligoninė.
Baž nyč ia buvo pastatyta 1707–1717 m. pagal Jó zefo Szymono Belotti ir Jó zefo Piaolos projektą baroko stiliumi. 1807 m. vienuolyną už ė mė Napoleono Bonaparto armija – jame buvo į rengtas sandė lis ir kareivinė s. 1819 m. parapija buvo iš formuota, baž nyč ia perduota Š v. Beno brolijai, o esama Š ventosios Dvasios ligoninė perkelta į Przyrynek gatvę . 1845 m. prie baž nyč ios buvo pridė ti laiptai, o 1863 m. prieš ais baž nyč ią pastatyta Š vč . Mergelė s Marijos skulptū ra.
Varš uvos sukilimo metu baž nyč ia buvo iš dalies sugriauta. 1949 m. į Varš uvą grį ž o Pauliaus vienuolyno tė vai ir jų iniciatyva baž nyč ia buvo atstatyta. Baž nyč ios restauravimas buvo baigtas 1956 m. Kiekvienais metais iš Š ventosios Dvasios baž nyč ios iš vyksta piligriminė kelionė iš Varš uvos į Č enstakavą .