XV amžiaus Mikalojaus bažnyčia Kilijos mieste yra retas pusiau požeminės bažnyčios tipas šalyje. Turkijos valdžia uždraudė stačiatikiams statyti mečetes viršijančias bažnyčias, todėl Šv.Mikalojaus bažnyčia buvo įgilinta į žemę 2,1 metro. Į bažnyčios vidų, pastatytą iš tašyto kalkakmenio, veda septynių laiptelių laiptai. Bažnyčia ne kartą buvo perstatyta, du kartus sunaikinta turkų. Mūrinė trijų pakopų varpinė, kurios fasadai dekoruoti XVII amžiaus rusų architektūros stiliumi, buvo pastatyta 1891 m., po to bažnyčia įgavo šiuolaikišką išvaizdą. Per antireliginę kovą XX amžiaus šeštojo dešimtmečio pradžioje bažnyčia beveik 30 metų buvo paversta sandėliu.
Mikalojaus bažnyčios atgimimo draugijai padedant, pradėtas bažnyčios restauravimas, o 1993 m. rugpjūčio 2 d. įvyko pirmoji Dieviškoji liturgija. Šventykloje saugoma Jeruzalės Dievo Motinos ikona, veikia sekmadieninė mokykla, pamaldas lydi vyresniųjų ir jaunesnių bažnyčių chorai.